β. Η αίτηση για την καταχώριση στο Μητρώο των επαγγελματικών πλοίων της περίπτωσης α΄ υποβάλλεται μέσα σε προθεσμία έξι (6) μηνών από την ολοκλήρωση και τη θέση του σε λειτουργία στην αρμόδια Διεύθυνση του Υπουργείου Ναυτιλίας και Αιγαίου από τον πλοιοκτήτη ή τον εφοπλιστή ή νόμιμα εξουσιοδοτημένο από αυτούς πρόσωπο. Με την αίτηση συνυποβάλλονται η πρωτότυπη άδεια του Ν. 2743/1999 , το πρωτότυπο ή ευκρινές αντίγραφο του πρωτοτύπου του Ειδικού Εντύπου Πληροφοριακών Στοιχείων Επαγγελματικού Πλοίου Αναψυχής (Ε.Ε.Π.Σ.Ε.Π.Α.), βεβαίωση η οποία εκδίδεται από την αρμόδια φορολογική Διοίκηση προς τον πλοιοκτήτη ή τον εφοπλιστή, ευκρινές αντίγραφο του πρωτοτύπου του εγγράφου εθνικότητας και του Πρωτοκόλλου Γενικής Επιθεώρησης ή του Πιστοποιητικού Ασφαλείας και αποδεικτικό είσπραξης ποσού πεντακοσίων (500) ευρώ υπέρ του Δημοσίου.

γ. Με την επιφύλαξη της παραγράφου 5 του άρθρου 4, για την καταχώριση στο Μητρώο ελέγχεται η εκπλήρωση της υποχρέωσης εκτέλεσης ελάχιστου αριθμού ημερών ναύλωσης και υπολογίζονται και καταχωρίζονται οι ημέρες ναύλωσης που πραγματοποιήθηκαν από την ημερομηνία της τελευταίας θεώρησης ή της έκδοσης της άδειας μέχρι την ημερομηνία υποβολής της αίτησης. Ως βάση για τον υπολογισμό λαμβάνεται ο ελάχιστος αριθμός των ημερών που ορίζονται στην περίπτωση α΄ της παραγράφου 1 του άρθρου 4 με αναγωγή στην πενταετία ή διαφορετικό χρονικό διάστημα κατά το οποίο ήταν σε ισχύ η άδεια η οποία κατατέθηκε.

δ. Αν κατά τον υπολογισμό προκύψει έλλειμμα ημερών, αυτό μπορεί να συμπληρωθεί από τυχόν πλεόνασμα της αμέσως προηγούμενης πενταετίας. Αν και πάλι προ­κύπτει έλλειμμα, καταβάλλεται υπέρ του Δημοσίου με αποδεικτικό είσπραξης, ανά ελλείπουσα ημέρα, ποσό ίσο με διακόσια (200) ευρώ για τα πλοία που εκναυλώνονται με πλοίαρχο και πλήρωμα και εκατό (100) ευρώ για όσα εκναυλώνονται χωρίς πλοίαρχο και πλήρωμα ή είναι χαρακτηρισμένα ως παραδοσιακά. Το αποδεικτικό είσπραξης υποβάλλεται στην αρμόδια Διεύθυνση του Υπουργείου Ναυτιλίας και Αιγαίου.

ε. Με την καταχώριση στο Μητρώο του άρθρου 2 καταργείται η άδεια του Ν. 2743/1999. Για το σκοπό αυτόν εκδίδεται, προς τον πλοιοκτήτη ή τον εφοπλιστή, πράξη του προϊσταμένου της αρμόδιας Διεύθυνσης του Υπουργείου Ναυτιλίας και Αιγαίου, που κοινοποιείται στις αρμόδιες υπηρεσίες της Φορολογικής και Τελωνειακής Διοίκησης και στο Μητρώο ΝΕΠΑ (Ν. 3182/2003, Α΄ 220) για τα πλοία των οποίων η κυριότητα, εκμετάλλευση ή διαχείριση ανήκει σε εταιρεία αυτής της μορφής. Στην πράξη αναφέρεται η ημερομηνία καταχώρισης στο Μητρώο, η οποία είναι και η ημερομηνία κατάργησης της άδειας.

στ. Με τη λήξη της προθεσμίας της περίπτωσης β΄ παύει αυτοδίκαια να ισχύει κάθε άδεια της περίπτωσης α΄ για την οποία δεν έχει υποβληθεί αίτηση καταχώρισης στο Μητρώο. Για τη διαπίστωση της αυτοδίκαιης παύσης της ισχύος της άδειας εκδίδεται πράξη του προϊσταμένου της αρμόδιας Διεύθυνσης του Υπουργείου Ναυτιλίας και Αιγαίου, που κοινοποιείται στις αρμόδιες υπηρεσίες της Φορολογικής και Τελωνειακής Διοίκησης και στο Μητρώο ΝΕΠΑ ( Ν. 3182/2003 , Α΄ 220). Στην πράξη ορίζεται η ημερομηνία της αυτοδίκαιης παύσης της ισχύος της άδειας, η οποία είναι η επομένη από την ημερομηνία της έκδοσης ή της τελευταίας θεώρησής της.