Οι αγρότες, για την παράδοση αγροτικών προϊόντων παραγωγής τους και για την παροχή αγροτικών υπηρεσιών, υπάγονται στο καθεστώς του άρθρου 41 του κώδικα Φ.Π.Α. και δικαιούνται να ζητήσουν την επιστροφή του Φ.Π.Α. που επιβάρυνε τις αγορές αγαθών ή λήψεις υπηρεσιών, τις οποίες πραγματοποίησαν για την άσκηση της εκμετάλλευσής τους.
Η επιστροφή του φόρου ενεργείται από το Δημόσιο με καταβολή στον αγρότη ποσού, το οποίο προκύπτει με την εφαρμογή κατ΄ αποκοπή συντελεστή έξι τοις εκατό (6%), στην αξία των παραδιδόμενων αγροτικών προϊόντων και των παρεχόμενων αγροτικών υπηρεσιών του Παραρτήματος IV του Ν.2859/2000 προς άλλους υποκείμενους στο φόρο, εκτός των αγροτών που υπάγονται στο καθεστώς του άρθρου 41 του Κώδικα ΦΠΑ. Για την πραγματοποίηση της επιστροφής αυτής υποβάλλεται δήλωση - αίτηση επιστροφής.
Ειδικά για πωλήσεις αγροτικών προϊόντων δικής τους παραγωγής που πραγματοποιούνται από αγρότες ειδικού καθεστώτος από δικό τους κατάστημα ή από λαϊκές αγορές ή εξάγονται ή παραδίδονται σε άλλο κράτος μέλος της Ε.Ε., η επιστροφή πραγματοποιείται με την εφαρμογή κατ΄ αποκοπή συντελεστή τρία τοις εκατό (3%) στην αξία των εν λόγω πωλήσεων, όπως αυτή προκύπτει από το τηρούμενο βιβλίο εσόδων εξόδων.
Για την παράδοση αγροτικών προϊόντων από την αγροτική εκμετάλλευση στην εμπορική δραστηριότητα όπως περιγράφεται παραπάνω, εκδίδεται ειδικό στοιχείο που περιλαμβάνει το είδος, την ποσότητα, την ποιότητα και την κανονική αξία των παραδιδόμενων αγαθών (περ. γ΄ της παρ. 2 του άρθρου 19 Ν.2859/2000).
Ως αξία των παραδιδομένων προϊόντων ή των παρεχομένων υπηρεσιών, λαμβάνεται αυτή που προκύπτει από τα οικεία νόμιμα παραστατικά.
Σε περίπτωση παράδοσης αγροτικών προϊόντων από τρίτους υποκείμενους στο φόρο, για λογαριασμό των παραγωγών αγροτών, η παραπάνω αξία λαμβάνεται χωρίς φόρο και προμήθεια.
Η αίτηση για την επιστροφή του φόρου υποβάλλεται απευθείας, στη Δ.Ο.Υ. ή μέσω συνεταιριστικών ενώσεων από 1ης Μαρτίου μέχρι 31 Ιουλίου.
(ΠΟΛ.41/1988,ΠΟΛ.1045/2010,ΠΟΛ. 1144/2010,ΠΟΛ.1084/2012, ΠΟΛ.1075/2013)