Μετά τη λήξη της προθεσμίας υποβολής της δήλωσης φορολογίας εισοδήματος τα βιβλία, τα στοιχεία, τα λοιπά δικαιολογητικά των εγγραφών, καθώς και τα ηλεκτρομαγνητικά μέσα αποθήκευσης αυτών κάθε διαχειριστικής περιόδου, μπορεί να φυλάσσονται σε οποιονδήποτε τόπο εντός ή εκτός της Ελληνικής Επικράτειας και επιδεικνύονται στην προθεσμία που ορίζεται από την αρμόδια φορολογική αρχή.
Όταν ο τόπος αποθήκευσης ευρίσκεται εκτός Ελλάδας, υποχρεούται να γνωστοποιεί στην αρμόδια Δ.Ο.Υ. πριν την αποθήκευση, τον τόπο αυτόν, καθώς και κάθε μεταβολή του τόπου αυτού (παρ. 3 του άρθρου 9 του Κ.Φ.Α.Σ.).
Ειδικά, για τη διαφύλαξη των τιμολογίων εφαρμόζονται τα εξής (παρ. 4 του άρθρου 9 του Κ.Φ.Α.Σ.):
α) Ο υπόχρεος απεικόνισης συναλλαγών οφείλει να μεριμνά για την αποθήκευση των αντιγράφων των τιμολογίων που εκδίδονται από τον ίδιο ή εξ ονόματός του και για λογαριασμό του, από τον πελάτη του ή από τρίτους, καθώς και όλων των τιμολογίων που λαμβάνει. Αντίτυπα των τιμολογίων που εκδίδονται εξ ονόματος και για λογαριασμό του υπόχρεου απεικόνισης συναλλαγών, παραδίδονται σε αυτόν μέσα στην προθεσμία που ορίζουν οι διατάξεις περί Απεικόνισης Συναλλαγών για την ενημέρωση των τηρούμενων βιβλίων.
β) Ο υπόχρεος απεικόνισης συναλλαγών μπορεί να καθορίζει τον τόπο αποθήκευσης, υπό τον όρο να θέτει στη διάθεση των αρμόδιων αρχών, έπειτα από οποιαδήποτε αίτησή τους, τα τιμολόγια ή τις πληροφορίες που έχουν αποθηκευτεί, μέσα στις προθεσμίες που τίθενται με την αίτηση των αρχών αυτών, χωρίς αδικαιολόγητη καθυστέρηση. Όταν ο τόπος αποθήκευσης ευρίσκεται εκτός Ελλάδας, υποχρεούται να γνωστοποιεί στην αρμόδια Δ.Ο.Υ. πριν την αποθήκευση, τον τόπο αυτόν, καθώς και κάθε μεταβολή του τόπου αυτού.
γ) Όταν η αποθήκευση δεν πραγματοποιείται με ηλεκτρονικά μέσα που να εξασφαλίζουν την πλήρη και επιγραμμική (on-line) πρόσβαση στα σχετικά δεδομένα, o υπόχρεος απεικόνισης συναλλαγών υποχρεούται να αποθηκεύει στο εσωτερικό της χώρας τα τιμολόγια που εκδίδει ή λαμβάνει.
δ) Όταν η αποθήκευση γίνεται σε χώρα με την οποία δεν υφίσταται νομική πράξη για την αμοιβαία συνδρομή με την προβλεπόμενη από τις διατάξεις του Ν. 1402/1983, του Ν. 1914/1990 και τον Κανονισμό (ΕΚ) αριθ. 1798/2003 του Συμβουλίου της 7ης Οκτωβρίου 2003 και σχετικά με το δικαίωμα πρόσβασης με ηλεκτρονικά μέσα, τηλεκφόρτωσης και χρήσης που προβλέπεται στην περίπτωση στ΄, ο υπόχρεος απεικόνισης συναλλαγών υποχρεούται να αποθηκεύει στο εσωτερικό της χώρας, τα τιμολόγια που εκδίδει ή λαμβάνει.
ε) Ο υπόχρεος απεικόνισης συναλλαγών υποχρεούται στη διαφύλαξη των τιμολογίων με την αρχική τους μορφή με την οποία διαβιβάσθηκαν ή τέθηκαν στη διάθεσή του, σε χαρτί ή με ηλεκτρονικά μέσα. Επίσης, όταν τα τιμολόγια διαφυλάσσονται με ηλεκτρονικά μέσα, διαφυλάσσονται με ηλεκτρονικά μέσα και τα δεδομένα που εξασφαλίζουν τη γνησιότητα της προέλευσης και την ακεραιότητα του περιεχομένου κάθε τιμολογίου.
στ) Όταν ο υπόχρεος απεικόνισης συναλλαγών αποθηκεύει, με ηλεκτρονικά μέσα τα οποία εξασφαλίζουν πρόσβαση με απευθείας σύνδεση (on-line) πρόσβαση στα σχετικά δεδομένα, τιμολόγια τα οποία εκδίδει ή λαμβάνει, οι αρμόδιες αρχές του κράτους - μέλους στο οποίο είναι εγκατεστημένος και, όταν ο Φ.Π.Α. οφείλεται σε ένα άλλο κράτος - μέλος, οι αρμόδιες αρχές εκείνου του κράτους - μέλους έχουν δικαίωμα πρόσβασης, λήψης και χρήσης αυτών των τιμολογίων.
ζ) Με τον όρο «διαφύλαξη τιμολογίου με ηλεκτρονικά μέσα» νοείται η διαφύλαξη δεδομένων που πραγματοποιείται με ηλεκτρονικό εξοπλισμό επεξεργασίας (περιλαμβανομένης της ψηφιακής συμπίεσης) και διαφύλαξης, καθώς και με ενσύρματα, ασύρματα, οπτικά ή άλλα ηλεκτρομαγνητικά μέσα.
Τα βιβλία, τα στοιχεία, τα λοιπά δικαιολογητικά των εγγραφών στα βιβλία, καθώς και τα ηλεκτρομαγνητικά μέσα στα οποία αποθηκεύονται δεδομένα βιβλίων, για τα οποία δεν υπάρχει υποχρέωση εκτύπωσής τους, διατηρούνται στον εκάστοτε οριζόμενο από τις σχετικές φορολογικές διατάξεις χρόνο παραγραφής του δικαιώματος του Δημοσίου για επιβολή φόρου και οπωσδήποτε όσο χρόνο εκκρεμεί σχετική υπόθεση ενώπιον των Διοικητικών Δικαστηρίων ή του Συμβουλίου της Επικρατείας.
Όταν τα αθεώρητα βιβλία και οι αθεώρητες καταστάσεις που αναφέρονται στις διατάξεις του Κ.Φ.Α.Σ. ενημερώνονται μηχανογραφικά, μπορεί να μην εκτυπώνονται αλλά να φυλάσσονται σε ηλεκτρομαγνητικά μέσα με την προϋπόθεση όμως ότι τα δεδομένα τους εκτυπώνονται άμεσα όταν ζητηθεί από τον φορολογικό έλεγχο. Στην περίπτωση αδυναμίας αναπαραγωγής - εκτύπωσης των δεδομένων αυτών, η αδυναμία - μη διαφύλαξή τους ισοδυναμεί με μη τήρηση των αντίστοιχων βιβλίων ή καταστάσεων.
Αντίστοιχα, στις περιπτώσεις των φορολογικών στοιχείων, για τα οποία δεν προβλέπεται εκτύπωση των στελεχών τους, δεδομένου ότι αποθηκεύονται ηλεκτρονικά δεδομένα που επέχουν θέση στελέχους (π.χ. ηλεκτρονικά αρχεία σήμανσης), η μη διαφύλαξη των αποθηκευμένων αυτών δεδομένων, ισοδυναμεί με μη διαφύλαξη των αντίστοιχων, εκδιδομένων φορολογικών στοιχείων (ΠΟΛ. 1004/04-01-2013).